Les actions d’un Parc naturel régional sont arrêtées et mises en œuvre par son organisme de gestion, en référence à la Charte. Cet organisme de gestion est de droit un syndicat mixte regroupant la Région Occitanie Pyrénées Méditerranée, le Département des Pyrénées-Orientales, les 3 communautés de communes et les 66 communes ayant adopté la Charte.
Il fonctionne dans le souci d’une large concertation avec les partenaires locaux grâce à des commissions thématiques composées d’élus et de membres du Conseil de développement durable (associations, partenaires socio-économiques, organismes publics). Tous participent à la définition et la mise en œuvre du programme d’actions du Parc.
En outre, il se dote d’un conseil scientifique chargé d’éclairer les décisions et avis de l’organisme de gestion grâce à sa capacité d’expertise.
Pour mettre au point et réaliser ses programmes, l’organisme de gestion du Parc recrute une équipe permanente et pluridisciplinaire, chargée de mettre en œuvre la Charte. Elle propose, anime et fait aboutir les actions menées directement par l’organisme de gestion du Parc ou en partenariat. Elle regroupe des compétences en matière d’environnement et de gestion de l’espace, d’aménagement, de développement économique et touristique, d’animation culturelle et de valorisation du patrimoine, d’information et de sensibilisation du public. Ces agents sont contractuels ou titulaires de la fonction publique territoriale.